不是夫妻用两人身份证登记同一间房以后公安有记录吗，

有。只要是用身份证办的任何事情，都有记录，而且是长期，在公安系统的网上都能查出。

公安局副局长可以随便查一个人的住酒店记录吗

公安局可以查到开房记录。只有涉及到犯罪的或者有犯罪嫌疑的才能查,否则就侵犯个人隐私了。法律规定开房、住宾馆、酒店等必须用本人身份证登记。登记记录会发送到公安局备份,公安局自然能查到开房记录。